项目施工阶段为了在工程项目实施过程中对施工质量、成本和工期等进行全面组织、管理、控制，投资人需要在工程施工阶段对项目工程进行严格的控制管理。对工程项目进行控制管理时，应该采用系统工程的相关理论和方式进行，从而实现项目管理的科学性、全面性、程序性。施工过程中的项目管理主要内容包括对施工进度、质量、费用、合同、信息等方面进行协调管理。建筑企业应该尽量要求承包单位采用先进的施工技术降低工程预算，采用科学合理的项目设计方案，从而能提高工程施工质量，降低工程预算成本，缩短施工工期。施工材料费用是施工阶段工程预算的重要组成部分，占据整个工程预算的一大部分，因此应该重点作好施工阶段的材料费用管理工作，有效减少工程预算成本。应该加强对项目设计方案变更的控制管理措施，尽量提前变更项目设计方案，越早提出变化项目施工的损失越小，应该将项目设计变更尽量控制在施工前期阶段。提高施工现场监管人员的专业技术水平，严格按照相关标准进行审查监理。针对根据工程量清单进行计价的项目工程，在工程竣工后进行结算时应该认真核对工程量，严格依据招标文件和相关施工合同中的数据标准，同时也应该考虑施工过程中发生变更的工程量。在进行工程量审查工作时应该全面熟悉掌握项目设计图纸和项目工程量的具体计算方式，整体把握项目工程的设计和施工过程。对于采用定额计价方式的项目工程需要审查期取费和套用。部分施工单位高套定额基价或者虚报项目工程量来提高自身的经济利益，针对这种情况，当超过项目审查的相应额度时，应该由项目承包单位支付相关的审查费用。在项目工程预算控制管理过程中，应该建立健全的工程预算管理制度，严格按照相关规定标准执行，采用科学合理的施工设计方案，尽量减少设计变更造成的项目工程经济损失，优化项目招投标工作，通过对比分析选择 的承包单位，严格按照施工规划进度进行，实现工程预算控制的系统化和规范化，加大有关部门的监管力度，创新工程预算管理模式，将工程预算的控制重点由施工阶段转移到前期决策阶段，提高工程预算的控制效果。全面掌握当下市场价格轴向，建设建筑企业的资金流失，不断降低工程预算成本，提高企业的经济效益和市场竞争力，促进企业的长期稳定发展。
工程设计是根据项目用途要求采用科学先进的方法，完整地表现建设物的外型、空间布置、结构以及群体的组成、与周围环境的相互关系等，是对工程预算进行规划的过程，它对工程预算项目的造价和使用后所产生的社会经济效益起决定性的作用。设计阶段的工作主要包括设计单位的选择、设计方案的确定、总平面设计、建筑结构设计、材料设备的选用等。审计时，一是要了解设计单位和设计人员是否挂靠专业设计部门，是否是专业设计人员，有无设计资格许可证。因为有些社会上的非专业设计人员由于怕负责任、图省事，使用不规范图纸设计，随意加大工程安全系数、增大结构截面尺寸、提高水泥标号，从而增加了工程预算造价。二是要求设计部门积极推行投资规模限额设计，使之贯穿于设计的全过程，严格控制各项经济指标，防止“设计不算账、概算见分晓”的被动局面出现。三是审核总平面设计对土地利用、工程管网长度的控制是否合理；建筑结构的设计是否符合规范要求；装修设计是否超标；选用的建筑材料是否符合市场供求关系，新型建筑材料是否科学经济；选用的设备是否先进，型号、数量是否符合规定要求，来源、价格是否合理。工程预算招投标工作是建设单位择优选择施工、物资设备供应等承包单位的主要方式，是市场经济调节下工程预算管理体制的一项重要内容，它改变了过去单一的依靠行政手段分配施工任务的做法，解决了好坏不分，赏罚不明的问题，达到了工期短、质量优、造价低、效益高的目的。然而，由于市场机制还不够健全，工程招投标工作还存在一些问题，如招投标方式和程序不符合规定，建设单位个别管理人员与投标单位暗中勾结、弄虚作假，使招投标工作失去了实际意义。因此，审计部门应与工程招投标管理部门协作，加强对招投标工作的审计监督和检查。
